Аннотация: Рассматривается оптимизационная задача вычислительной биологии – прогнозирование структуры протеина по последовательности аминокислотных остатков. Описывается НР-модель, которая, не смотря на свою простоту, достаточно точно отображает процессы сворачивания в реальных молекулах. Предложены локальные и глобальные алгоритмы решения. Сравнительные характеристики методов и их комбинаций проиллюстрированы результатами вычислительного эксперимента по решению задач разной размерности.

Ключевые слова: комбинаторная оптимизация, прогнозирование третичной структуры протеина, метод ветвей и границ, стохастический локальный поиск, алгоритмы муравьиных колоний.

Link:

РАЗРАБОТКА И ИССЛЕДОВАНИЕ АЛГОРИТМОВ РЕШЕНИЯ ЗАДАЧИ ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ТРЕТИЧНОЙ СТРУКТУРЫ ПРОТЕИНА

Леонид Гуляницкий, Виталина Рудык

http://foibg.com/ibs_isc/ibs-10/ibs-10-p14.pdf